为了深入认识凤尾蕨属所包含的物种，揭示不同种类之间的亲缘关系，分类学家们曾依据形态学的证据，把具有相同叶片分支方式或叶脉类型的种类归在一起（Hooker and Baker, 1874; Shieh, 1966; Tryon and Tryon, 1982; Ching and Wu, 1983），建立了不同等级的属下分类单元，如亚属、组、系等。仅依据形态学证据归纳的种间关系仅能部分地反映出该类群不同种类之间真实的进化关系，凤尾蕨属属下自然的系统关系还需利用更为客观的证据加以验证。基于分子数据构建的系统发育关系，是确定物种之间亲缘关系最为有力的证据。研究团队前期基于叶绿体部分基因片段构建的凤尾蕨亚科及凤尾蕨属的分子系统关系，确定了单系的凤尾蕨属在凤尾蕨亚科中的系统位置，并将凤尾蕨属划分为15个大支（Zhang et al., 2015; Zhang et al., 2017）。