集数
标题
1使徒、来袭（使徒、襲来）[† 3]
14岁的少年‧碇真嗣被自己的父亲‧NERV总司令碇源堂叫到了第三新东京市，同时第三使徒‧Sachiel来袭，见到自己的父亲后，父亲要求自己做的第一件事，竟然是驾驶NERV制造的对使徒兵器“EVANGELION”与使徒对战，虽然心里百般不愿意，但真嗣为了自己的面子还是硬著头皮驾驶EVA初号机出击......
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STAGE.1 使徒、来袭（使徒、襲来）（月刊少年ACE 1995年2月号）
STAGE.2 再会…（再会…）（月刊少年ACE 1995年3月号）
STAGE.3 初号机、出击（初号機、出撃（リフト・オフ））（月刊少年ACE 1995年4月号）
STAGE.4 沉默…（沈黙…）（月刊少年ACE 1995年5月号）
STAGE.5 光的深渊中所见之物（光の淵に見たもの）（月刊少年ACE 1995年6月号）
STAGE.6 我哭了（ボクハナク）（月刊少年ACE 1995年7月号）
2短刀与少年（ナイフと少年）[† 4]
击败第三使徒后，见到真嗣与其父亲的互动，美里决定带真嗣住进自己的家里，同时真嗣也试著对周围的人敞开心胸，但在看到美里的“监视记录簿”后，又龟缩回自己的内心世界中......
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STAGE.7 闭锁的心灵（閉じゆく心）（月刊少年ACE 1995年8月号）
STAGE.8 真嗣不高兴了（シンジご機嫌ななめ）（月刊少年ACE 1995年10月号）
STAGE.9 狂热的灾难（マニアの受難）（月刊少年ACE 1995年11月号）
STAGE.10 短刀与少年（ナイフと少年）（月刊少年ACE 1995年12月号）
STAGE.11 徬徨的第三适任者（さまよえるサード・チルドレン）（月刊少年ACE 1996年1月号）
STAGE.12 温柔的轮廓（やさしさの輪郭（かたち））（月刊少年ACE 1996年2月号）
3白色伤痕（白い傷跡）[† 5]
在美里的动之以情下，真嗣终于被说服，并回到了NERV，同一时间，NERV正紧锣密鼓进行零号机的再启动试验，就在这个时候，第五使徒‧Ramiel朝第三新东京市发动攻击......
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STAGE.13 白色伤痕（白い傷跡）（月刊少年ACE 1996年3月号）
STAGE.14 歪斜的房间（歪んだ部屋）（月刊少年ACE 1996年5月号）
STAGE.15 红色眼眸相信的是…（紅い瞳の信じるものは）（月刊少年ACE 1996年6月号）
STAGE.16 被丢弃的记忆（棄てられた記憶）（月刊少年ACE 1996年7月号）
STAGE.17 决战前夜（決戦前夜）（月刊少年ACE 1996年8月号）
STAGE.18 血战！（血戦!）（月刊少年ACE 1996年9月号）
STAGE.19 黑暗中之月（闇の中の月）（月刊少年ACE 1996年10月号）
4明日香、来日（アスカ、来日）[† 6]
第二适任者‧明日香终于要前往日本，真嗣在美里的简介下看到了明日香的战斗过程，对明日香充满了憧憬，想不到他竟然在街上偶然碰到明日香，梦想瞬间幻灭......
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STAGE.20 明日香、来日（アスカ、来日）（月刊少年ACE 1997年1月号）
STAGE.21 受召唤而来的人（招かれざる者）（月刊少年ACE 1997年3月号）
STAGE.22 明日香攻击（アスカ攻撃（アタック））（月刊少年ACE 1997年5月号）
STAGE.23 TRY AGAIN（トライ・アゲイン）（月刊少年ACE 1997年6月号）
STAGE.24 不协和音（不協和音（ディソナンス））（月刊少年ACE 1997年7月号）
STAGE.25 Shall we dance?（Shall we dance?）（月刊少年ACE 1997年8月号）
STAGE.26 瞬间、心灵合一（瞬間、心、重ねて）（月刊少年ACE 1997年9月号）
5墓碑（墓標）[† 7]
为了调查NERV背后的马尔杜克机关，加持前往京都进行调查；同时为了庆祝美里升官和明日香搬进美里的家中，剑介自作主张为两人开了庆祝派对，真嗣第一次了解到和朋友在一起玩乐是多么快乐......
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STAGE.27 PARTY（パーティー）（月刊少年ACE 1998年1月号）
STAGE.28 碰触到伤痕的话（傷跡をたどれば）（月刊少年ACE 1998年3月号）
STAGE.29 墓碑（墓標）（月刊少年ACE 1998年5月号）
STAGE.30 承受重力攻击！(Catch the G-shock!)（受け止めろ 重力攻撃(Catch the G-shock!)）（月刊少年ACE 1999年7月号）
STAGE.31 NERV、停电（ネルフ、停電）（月刊少年ACE 1999年8月号）
STAGE.32 真实的深渊（真実の深淵）（月刊少年ACE 1999年9月号）
STAGE.33 水族馆（アクアリウム）（月刊少年ACE 1999年10月号）
6第四适任者（四人目の適格者）[† 9]
知道父亲将亚当藏在地底下以后，真嗣受到强烈的打击，加持的一番话更让他想起母亲的EVA同步率试验，就在此时，冬二得知自己被选为第四适任者，也即将成为EVA参号机的驾驶员......
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STAGE.34 第四适任者（四人目の適格者）（月刊少年ACE 1999年12月号、2000年2月号[† 8]）
STAGE.35 光和影（光（ヒカリ）、そして影）（月刊少年ACE 2000年3月号）
STAGE.36 告白（告白）（月刊少年ACE 2000年4月号）
STAGE.37 礼物（ギフト）（月刊少年ACE 2000年7月号）
STAGE.38 迎击（迎撃）（月刊少年ACE 2000年8月号）
STAGE.39 替代系统（ダミーシステム）（月刊少年ACE 2000年9月号）
STAGE.40 用黑色晕染黄昏（黄昏を黒に染めて…）（月刊少年ACE 2000年11月号）
7男人的战斗（男の戦い）[† 10]
因为等于是自己亲手杀死了冬二，真嗣对NERV也产生了不信任感而选择离开NERV。同时第九使徒‧Zeruel来袭，并轻松击败了明日香和零，在加持的劝说下，真嗣回到NERV并驾驶初号机作战，然而，在战斗中，初号机的电力竟然用罄了......
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STAGE.41 拳头（フィスト）（月刊少年ACE 2001年1月号）
STAGE.42 灰色天空（灰色の空）（月刊少年ACE 2001年2月号）
STAGE.43 询问（尋問）（月刊少年ACE 2001年5月号）
STAGE.44 赎罪（贖罪）（月刊少年ACE 2001年6月号）
STAGE.45 男人的战斗（男の戦い）（月刊少年ACE 2001年7月号）
STAGE.46 觉醒·前篇（覚醒・前編）（月刊少年ACE 2001年8月号）
STAGE.47 觉醒·后篇（覚醒・後編）（月刊少年ACE 2001年10月号）
STAGE.48 消灭（消滅）（月刊少年ACE 2001年11月号）
8MOTHER（MOTHER）[† 11]
在战斗的最后，初号机吞掉了Zeruel的S2机关，也将真嗣给吸收了，NERV于是进行打捞计画，试图将他抢救出来；在自己的精神世界中，真嗣似乎看到了自己已经消失的母亲......
收录话数
STAGE.49 …Kiss.（…Kiss.）（月刊少年ACE 2002年2月号）
STAGE.50 到我心里…（心の中へ…）（月刊少年ACE 2002年3月号）
STAGE.51 MOTHER（MOTHER）（月刊少年ACE 2002年4月号）
STAGE.52 回想（回想）（月刊少年ACE 2002年6月号）
STAGE.53 光之巨人（光の巨人）（月刊少年ACE 2002年7月号）
STAGE.54 NERV诞生（ネルフ誕生）（月刊少年ACE 2002年9月号）
STAGE.55 留言（伝言）（月刊少年ACE 2002年10月号）
STAGE.56 嫉妒（ジェラシー）（月刊少年ACE 2002年11月号）
9第五适任者（フィフス・チルドレン）[† 12]
连续败给两名使徒，明日香的自尊心大受影响，连带的EVA贰号机的同步率也下降了，就在这时，第五适任者‧渚薰来到NERV，出现在明日香的面前......
收录话数
STAGE.57 第五适任者（フィフス・チルドレン）（月刊少年ACE 2003年2月号）
STAGE.58 拒绝（拒絶）（月刊少年ACE 2003年4月号）
STAGE.59 尊严（プライド）（月刊少年ACE 2003年6月号）
STAGE.60 洋娃娃（ドール）（月刊少年ACE 2003年9月号）
STAGE.61 朗基努斯之枪（ロンギヌスの槍）（月刊少年ACE 2003年11月号）
STAGE.62 distance（distance）（月刊少年ACE 2003年12月号）
STAGE.63 应战（応戦）（月刊少年ACE 2004年2月号）
10泪（涙）[† 13]
遭到第十使徒‧Arael的精神攻击，明日香终于精神崩溃，并由渚薰接任贰号机的驾驶员，此时，第11使徒‧Alsamiel展开攻击，零号机被侵蚀，为了保护真嗣，零决定将机体自爆......
收录话数
STAGE.64 泪（涙）（月刊少年ACE 2005年2月号）
STAGE.65 想与你合而为一（ひとつになりたい）（月刊少年ACE 2005年4月号）
STAGE.66 来不及说（心届かず）（月刊少年ACE 2005年6月号）
STAGE.67 辗转彻夜（ねじれた夜）（月刊少年ACE 2005年8月号）
STAGE.68 交错（交錯）（月刊少年ACE 2005年10月号）
STAGE.69 污秽的血（汚れた血）（月刊少年ACE 2005年12月号）
STAGE.70 虚无群集（虚無の群れ）（月刊少年ACE 2006年1月号）
11掌中的记忆（手のひらの記憶）[† 15]
在零的真相被公开后，真嗣的心情更是低落，同学们也接二连三的离开第三新东京市了，之后渚薰更是以第12使徒的身分，操纵贰号机企图进入终极核心区。而在亲手杀死渚薰后，真嗣更是掉入了无底深渊中......然而，SEELE对于碇源堂的忍耐也到了极限，并命令日本自卫队对NERV总部进行攻击。
收录话数
STAGE.71 亚当的末裔（アダムの末裔）（月刊少年ACE 2006年6月号）
STAGE.72 使者，死者（最後のシ者）（月刊少年ACE 2006年8月号）
STAGE.73 终至极境（辿りついた境界線）（月刊少年ACE 2006年10月号）
STAGE.74 掌中的记忆（手のひらの記憶）（月刊少年ACE 2006年12月号）
STAGE.75 残缺之心（欠けた心）（月刊少年ACE 2007年1月号）
STAGE.76 最后的敌人（最後の敵）（月刊少年ACE 2007年2月号、2007年3月号[† 14]）
12父与子（父と子）[† 18]
明日香终于感受到母亲的心意并振作起来，然而面对她的却是SEELE派出的量产机和不足5分钟的活动时间。同时，美里和真嗣也遭遇袭击，重伤的美里于电梯前留下了最后一吻……碇源堂和零前往最终教条，等待他们的则是……
收录话数
STAGE.77 GENOCIDE（GENOCIDE）（月刊少年ACE 2007年12月号[† 16]）
STAGE.78 父与子（父と子）（Young Ace Vol.1）
STAGE.79 承诺的时刻（約束の時）（Young Ace Vol.2）
STAGE.80 邂逅（邂逅）（Young Ace Vol.3、Vol.4[† 17]）
STAGE.81 来自天空的敌人（空よりの敵）（Young Ace Vol.5）
STAGE.82 The last instruction（The last instruction）（Young Ace Vol.6）
STAGE.83 呼应（呼応）（Young Ace Vol.7）
13Calling（Calling）
亲手杀死了第五适任者，亦即最后的使徒“渚薰”的真嗣，精神上受到了相当严重的打击。而原以为成功剿灭了所有使徒，人类的和平即将来临时，没想到SEELE竟入侵了NERV的超级电脑MAGI，同时派遣战略自卫队及量产型EVA系列，企图攻占NERV总部。在真嗣退缩不已，EVA初号机行动又受限的状况下，明日香只好独自驾驶著EVA贰号机，与九架强悍的EVA系列对峙……!!面对这令人无法喘息的危机，明日香与真嗣等人的命运将会如何？
收录话数
STAGE.84 Calling（Calling）（Young Ace 2011年5月号、2011年6月号[† 19]）
STAGE.85 背叛（裏切り）（Young Ace 2011年9月号）
STAGE.86 仪式的开始（儀式の始まり）（Young Ace 2011年10月号）
STAGE.87 拒绝（拒絶）（Young Ace 2011年12月号）
STAGE.88 黑之月（黒き月）（Young Ace 2012年1月号）
STAGE.89 face to face（face to face）（Young Ace 2012年2月号、2012年3月号[† 20]。）
STAGE.90 夏日的追忆（夏の追憶）（Young Ace 2012年4月号[† 21]）
14启程（旅立ち）
时时挂念著母亲的真嗣，却怎么也想不起母亲当年说的一句话……与夜妖融合的零，以超乎想像的形态出现在众人面前……碇氏夫妇的真正想法究竟为何？第三次冲击的真相又是……？问世将近二十年的《EVA》漫画版，在此隆重完结!!
收录话数
STAGE.91 魂归于光（光還る処へ）（Young Ace 2012年10月号）
STAGE.92 Birthday（バースデイ）（Young Ace 2012年11月号）
STAGE.93 生命之海（生命（いのち）の海）（Young Ace 2013年1月号、2013年2月号[† 22]）
STAGE.94 掌心（掌）（Young Ace 2013年3月号、2013年5月号[† 23]）
STAGE.95 谢谢∞再会（ありがとう∞さようなら）（Young Ace 2013年6月号）
LAST STAGE 启程（旅立ち）（Young Ace 2013年7月号）
EXTRA STAGE 夏日韶光（夏色のエデン）（单行本加笔）